Secara geografis, wilayah administrasi pemerintahan Negeri Paperu memiliki kondisi fisik wilayah yang datar dan berada diatas batu karang yang selalu diidentik dan dijuluki dengan Negeri diatas batu karang . Spesifik wilayah inilah yang membedakan Negeri Paperu baik dari sisi fisik wilayah maupun karakter kehidupan bermasyarakat dengan Negeri  lain di Kecamatan Saparua. Luas wilayah petuanan lebih kurang 20,1 Km², terdiri dari daerah daratan seluas 15,5 Km² dan lautan 6,6 Km², dengan memiliki garis pantai sepanjang 5 Km, dengan batas-batas sebagai berikut: